El río Porma es el más importante del término de Valdefresno. Nace en Valdeburón cerca del puerto de Tarna, desciende en dirección Sur y Suroeste hasta Mansilla, donde se produce un nuevo giro hacia el Sur enfilando hacia las tierras de Zamora donde se unirá al río Duero.

El municipio tiene también otros arroyos principales: los de las Torgas, Arregadas, Solanilla,Villavente, Carcabón y de la Pega, junto con otros de menor importancia.

El río Torío pasa por las tierras situadas al Oeste del municipio sin penetrar en su territorio.

Existen dentro del municipio diversas lagunas de pequeño tamaño pero de cierto valor ecológico.